不銹鋼發酵罐的自動化清洗方法，通常是采用自動化操作。常用的方法就是清洗球清洗，清洗球有分固定清洗球，旋轉清洗球，雙循環清洗器等。
固定清洗球：傳統的固定洗球是常用的清洗裝置。固定清洗球有分不同形式、尺寸和清潔能力的洗球，固定清洗球可以將清洗液噴射到罐壁，進行固定簡單的清洗。固定洗球用于沖洗罐壁。從帶孔的單獨噴孔中噴射出水，流射到罐壁上的同一位置。由于噴口的尺寸限制，每一沖擊點噴射到罐壁的力量都很有限，沒有沖擊到的點水量實際為零。所以為了達到所要求的清洗效果，企業須采用大量、高濃度的化學清洗劑或高溫清洗液，進行長時間的清洗。
旋轉清洗球：在實際清潔使用上旋轉清洗球的方式和效果要優于傳統的固定洗球。由旋轉清洗球的噴頭以不定時的方式噴射到不銹鋼發酵罐罐壁上，在清洗方式和機械沖擊力的結合上比固定清洗球用水少、化學藥品消耗少，更可在短時間內去除殘留物。
雙循環清洗器：雙循環清洗可對不銹鋼發酵罐進行有效的清洗，噴洗形式有中上噴，中下噴，全噴，在360度范圍內噴洗，高清洗效率，低耗水量、耗能量和化學劑用量；衛生結構，帶清洗液的自潤滑，可在任何角度萬向洗罐。
